Detalhe da pesquisa
1.
Constructing telomere-to-telomere diploid genome by polishing haploid nanopore-based assembly.
Nat Methods
; 21(4): 574-583, 2024 Apr.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38459383
2.
Extensive promoter-centered chromatin interactions provide a topological basis for transcription regulation.
Cell
; 148(1-2): 84-98, 2012 Jan 20.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-22265404
3.
Parafibromin governs cell polarity and centrosome assembly in Drosophila neural stem cells.
PLoS Biol
; 20(10): e3001834, 2022 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36223339
4.
Integrated 3D genome, epigenome and transcriptome analyses reveal transcriptional coordination of circadian rhythm in rice.
Nucleic Acids Res
; 51(17): 9001-9018, 2023 09 22.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37572350
5.
ASMdb: a comprehensive database for allele-specific DNA methylation in diverse organisms.
Nucleic Acids Res
; 50(D1): D60-D71, 2022 01 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34664666
6.
Histone lysine methyltransferase Pr-set7/SETD8 promotes neural stem cell reactivation.
EMBO Rep
; 22(4): e50994, 2021 04 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33565211
7.
Integration of external signaling pathways with the core transcriptional network in embryonic stem cells.
Cell
; 133(6): 1106-17, 2008 Jun 13.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-18555785
8.
SurVirus: a repeat-aware virus integration caller.
Nucleic Acids Res
; 49(6): e33, 2021 04 06.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33444454
9.
Calling large indels in 1047 Arabidopsis with IndelEnsembler.
Nucleic Acids Res
; 49(19): 10879-10894, 2021 11 08.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34643730
10.
An AR-ERG transcriptional signature defined by long-range chromatin interactomes in prostate cancer cells.
Genome Res
; 29(2): 223-235, 2019 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30606742
11.
SurVIndel: improving CNV calling from high-throughput sequencing data through statistical testing.
Bioinformatics
; 37(11): 1497-1505, 2021 Jul 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30989231
12.
HIVID2: an accurate tool to detect virus integrations in the host genome.
Bioinformatics
; 37(13): 1821-1827, 2021 Jul 27.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33453108
13.
A chromosome-level genome assembly of Cairina moschata and comparative genomic analyses.
BMC Genomics
; 22(1): 581, 2021 Jul 30.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34330207
14.
Analysis of whole-genome re-sequencing data of ducks reveals a diverse demographic history and extensive gene flow between Southeast/South Asian and Chinese populations.
Genet Sel Evol
; 53(1): 35, 2021 Apr 13.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33849442
15.
MethHaplo: combining allele-specific DNA methylation and SNPs for haplotype region identification.
BMC Bioinformatics
; 21(1): 451, 2020 Oct 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33045983
16.
TranSurVeyor: an improved database-free algorithm for finding non-reference transpositions in high-throughput sequencing data.
Nucleic Acids Res
; 46(20): e122, 2018 11 16.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30137425
17.
An integrated package for bisulfite DNA methylation data analysis with Indel-sensitive mapping.
BMC Bioinformatics
; 20(1): 47, 2019 Jan 22.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-30669962
18.
Comprehensive analysis of transcriptome profiles in hepatocellular carcinoma.
J Transl Med
; 17(1): 273, 2019 08 20.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31429776
19.
Chromatin connectivity maps reveal dynamic promoter-enhancer long-range associations.
Nature
; 504(7479): 306-310, 2013 Dec 12.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-24213634
20.
BATVI: Fast, sensitive and accurate detection of virus integrations.
BMC Bioinformatics
; 18(Suppl 3): 71, 2017 Mar 14.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-28361674